細菌とファージを長い時間一緒に培養するとファージが感染できないファージ耐性細菌が出現します。
ファージ耐性化の分子機構は様々ですが、多くの場合細菌の目印（ファージレセプター）が変異することで耐性化します。
ファージが細菌に感染する際、ファージは感染する細菌のレセプターに取り憑きます。レセプターに取り憑く器官をリガンドと呼び、ファージの足先に付いています。ファージ耐性菌はレセプターの発現を止めたり、構造を変化させたりすることでファージの結合を回避するのです。
例えば大腸菌O157:H7とファージ（PP01）を長時間培養すると、PP01ファージが感染できないファージ耐性大腸菌O157:H7が出現します。大腸菌O157:H7はPP01ファージのレセプター分子である外膜タンパク質C(OmpC)の遺伝子を欠損することで耐性化するのです。
PP01ファージが存在するときOmpC欠損大腸菌は野生株より優位です。しかしファージがいない環境ではOmpC欠損大腸菌は正常な大腸菌に比べて不利になります。なぜならOmpCの本来の役割である栄養分を培地から吸収する機能を欠損するからです。身を削って耐性化することを｢コストを払う｣と言います。細菌はコストを払ってファージ耐性化するのです。
ファージによってレセプターは異なります。異なるレセプターを用いる複数のファージ混合液（ファージカクテル）を用いると細菌は多くのコストを払わなければなりません。従ってカクテルに対する耐性化は難しく、成功したとしても多大なコストを払うことになるのでカクテル耐性細菌はひ弱な存在になります。
